机电工程系成立于2005年，现有在校生700余人。目前开设专业有：飞机机电设备维修（简称ME）、飞机电子设备维修（简称AV）和汽车检测与维修技术三个专业。2007年获得中央财政支持的实训基地建设经费150万元。2009年飞机机电设备维修专业立项为院级特色专业，2011年《飞机电子系统维修》获批省级精品课程，2012年荣获省级优秀教学团队，2015、2016年连续获得国家职业技能大赛三等奖，2015年获批省级特色实训教学中心，2016年被评为省级骨干专业。

机电工程系与海航集团共建了先进的实训基地，拥有多尼尔飞机1架，运七飞机2架，16套飞行模拟机，11台飞机发动机，航空特种车辆6辆，航材及工具万余件，总价值约10亿元；以CCAR66部和CCAR147部为依据，采用工作过程系统化理念，开发了工学结合的人才培养方案，构建了四级实践能力培养体系；开发了86个学习情境和百余个实训项目，模拟企业一线，实施工作单式实训作业；组建电子协会、航模协会，并定期开展民航大讲堂；以订单班为基础，开展现代学徒制试点，已订单培养六届学生，实现了机务素质和专业知识的共同养成。

机电工程系旨为民航培养具有飞机维修、汽车维修必备的基础理论知识、专业知识和基本维修技能的高素质应用型专门人才。